Orientador: Reginaldo Palazzo Júnior

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação

Resumo: Durante milhões de anos, o homem, os animais e plantas vêm se transformando e evoluindo para se adaptar ao ambiente. Um processo que auxilia na evolução é o splicing alternativo, consistindo de uma codificação bastante conveniente, que a partir de um único gene consegue gerar várias...

Resumo: Durante milhões de anos, o homem, os animais e plantas vêm se transformando e evoluindo para se adaptar ao ambiente. Um processo que auxilia na evolução é o splicing alternativo, consistindo de uma codificação bastante conveniente, que a partir de um único gene consegue gerar várias proteínas, combinando éxons e íntrons de diferentes formas, aumentando assim a capacidade proteômica. Várias pesquisas buscam uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos no splicing altenativo e quais as consequências dos erros cometidos durante este processo. Este trabalho tem como objetivo principal analisar as propriedades matemáticas envolvidas no splicing alternativo por meio dos códigos corretores de erros. Os códigos (BCH) foram utilizados nos casos que ocorreram erros de substituição de nucleotídeos e os códigos de Varshamov-Tenengolts nos casos que ocorreram erros de inserção e deleção de nucleotídeos. Neste trabalho verificamos a possibilidade reproduzir matematicamente o splicing alternativo de acordo com as restrições biológicas. Para atingir este objetivo, consideramos o gene TRAV7 presente no genoma humano e o gene Hint-1 presente no nematoide Caenorhabditis Elegans

Abstract: During millions of years mankind, animals and plants have transformed themselves, continuing to evolve in order to adapt themselves to the environment. A process that helps in the evolution is the alternative splicing, consisting of a rather suitable codification, that manages to produce...

Abstract: During millions of years mankind, animals and plants have transformed themselves, continuing to evolve in order to adapt themselves to the environment. A process that helps in the evolution is the alternative splicing, consisting of a rather suitable codification, that manages to produce several proteins from a single gene, combining exons and introns of different forms, in this way increasing the proteomic capacity. Several surveys search for both a better understanding of the mechanisms involved in alternative splicing and the consequences of errors committed during this process. This study has as its main objective to analyze the mathematical properties involved in the alternative splicing through correcting codes of errors. The codes (BCH) were used in the cases when errors of substitution of nucleotides occurred and Varshamov-Tenengolts codes in the cases when errors of insertion and deletion of nucleotides occurred. In this study we verified the possibility of reproducing mathematically the splicing alternative in accordance with the biological restrictions. To achieve this objective we considered the gene TRAV7 present in the human genome and the gene Hint-1 present in the nematode Caenorhabditis Elegans