Orientador: Plínio Trabasso

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas

Resumo: Este trabalho teve por objetivo comparar o desempenho das técnicas de microarranjo de DNA (DNA microarray), amplificação circular isotérmica (Loop mediated isothermal amplification (LAMP)), PCR em tempo real e sequenciamento de DNA para a identificação das espécies de Fusarium, agentes de...

Resumo: Este trabalho teve por objetivo comparar o desempenho das técnicas de microarranjo de DNA (DNA microarray), amplificação circular isotérmica (Loop mediated isothermal amplification (LAMP)), PCR em tempo real e sequenciamento de DNA para a identificação das espécies de Fusarium, agentes de infecção da corrente sanguínea, isolados de pacientes com doenças onco-hematológicas do Hospital de Clínicas da Universidade Estadual de Campinas (HC-Unicamp) e do Hospital de Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) em um estudo de corte retrospectivo. Foram selecionados 21 amostras de Fusarium isoladas de sangue, sendo 17 amostras da micoteca do Laboratório de Investigação em Fungos (LIF) da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp (FCM-Unicamp) e três amostras da micoteca do Laboratório de Microbiologia da FMUSP. As metodologias de DNA microarray, LAMP e PCR em tempo real, identificaram 17 das 21 amostras como complexo Fusarium solani e quatro como complexo Fusarium não - solani, apresentando um alto desempenho, uma concordância de 100% entre elas e uma sensibilidade de 100% para as metodologias DNA microarray, LAMP e PCR em tempo real e uma especificidade de 100% para a metodologia de LAMP. Esses dados foram validados pela metodologia de sequenciamento de DNA, a qual identificou 17 amostras como complexo Fusarium solani e quatro como Fusarium complexo não ¿ solani, sendo três Fusarium napiforme e um Fusarium oxysporum, concordando com os resultados encontrados nas três metodologias aplicadas neste trabalho. A técnica de LAMP demonstrou ser mais acessível do que as técnicas de DNA microarray e PCR em tempo real por ser mais rápida, indicando ser uma metodologia promissora para ser utilizada na rotina de diagnóstico de fungos filamentosos, auxiliando em uma terapia apropriada de uma forma rápida e específica, proporcionando assim uma melhora na assistência prestada ao paciente

Abstract: This study aimed to compare the performance of the techniques of DNA microarray, loop mediated isothermal amplification (LAMP), real-time PCR and DNA sequencing for identification of species of Fusarium as agents of bloodstream infection, isolated from patients with hematologic...

Abstract: This study aimed to compare the performance of the techniques of DNA microarray, loop mediated isothermal amplification (LAMP), real-time PCR and DNA sequencing for identification of species of Fusarium as agents of bloodstream infection, isolated from patients with hematologic malignancies cared for at the university hospital of State University of Campinas and the university hospital of University of Sao Paulo, in a retrospective cross study. In the study, 21 Fusarium isolates from blood were selected, being 17 samples of mycology collection of the Laboratory for Research on Fungi (LIF), Faculty of Medical Sciences, Campinas (FCM-Unicamp) and three samples of mycology collection of the Laboratory of Microbiology of FMUSP. The techniques of DNA microarray, LAMP and Real-Time PCR identified 17 of the 21 samples as Fusarium solani, and 4 isolates as Fusarium non-solani complex, showing a high performance, a 100% agreement among them and a sensitivity of 100% for the DNA microarray, LAMP and real-time PCR methods and a 100% specificity for the LAMP method. These data were validated by the DNA sequencing technique, which identified 17 isolates as Fusarium solani complex and not four as Fusarium non-solani complex, being three Fusarium napiforme and one Fusarium oxysporum, agreeing with the findings in the three methodologies applied in this work. The LAMP technique proved to be more accessible than the techniques of DNA microarray and real-time PCR to be faster, indicating a promising methodology to be used in routine diagnosis of filamentous fungi, aiding in proper therapy rapid and specific manner, thereby providing an improvement to the care of patients