Orientador: Hercílio Martelli Júnior

Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba

Resumo: Fissuras do lábio ou palato não sindrômicas (FL/PNS) são as anomalias congênitas craniofaciais mais comuns, com prevalência de 1:500-2.500 nascidos vivos. Possuem etiologia complexa, com participação de fatores ambientais e genéticos. Estudos de larga escala genômica (GWAS) descreveram...

Resumo: Fissuras do lábio ou palato não sindrômicas (FL/PNS) são as anomalias congênitas craniofaciais mais comuns, com prevalência de 1:500-2.500 nascidos vivos. Possuem etiologia complexa, com participação de fatores ambientais e genéticos. Estudos de larga escala genômica (GWAS) descreveram várias regiões cromossômicas e genes candidatos à etiologia das FL/PNS, entretanto poucos foram confirmados em diversas populações, o que pode ser resultado da diferença na composição étnica das populações. Recentemente, GWAS realizados com populações da Europa e da Ásia identificaram polimorfismos de suscetibilidade para FL/PNS nos genes FGF12, VCL, CX43, e nos loci 1p36, 2p21, 3p11.1, 8q21.3, 10q25, 13q31.1, 15q22.2 e 17q22. Como o Brasil é composto por uma população miscigenada, torna-se importante confirmar se esses marcadores também mostram suscetibilidade à FL/PNS na população brasileira. O objetivo deste estudo foi avaliar o envolvimento de polimorfismos genéticos que foram descritos como marcadores de risco para o desenvolvimento de FL/PNS em pacientes brasileiros com FL/PNS. Este estudo caso-controle, com uma análise estruturada de acordo com as proporções de ancestralidade de cada individuo, avaliou 16 marcadores polimórficos de suscetibilidade as fissuras orais em 300 pacientes com FL/PNS e 395 indivíduos sem fissura provenientes de Minas Gerais, Brasil e 7 marcadores polimórficos em 505 pacientes com FL/PNS e 594 indivíduos sem fissura, provenientes de Minas Gerais e Bahia, Brasil. Os polimorfismos foram genotipados pelo método de discriminação alélica com sondas fluorescentes. A ancestralidade genômica de cada indivíduo foi determinada pela caracterização de 40 marcadores bialélicos de inserção/deleção (INDELs). A distribuição genotípica de todos os polimorfismos no grupo controle respeitou o equilíbrio de Hardy-Weinberg, exceto para o polimorfimo rs7632427 que foi excluído da análise. Foram observadas associações entre os polimorfismos rs227731, rs742071, rs1873147, rs8001641 e rs7590268 e de um haplótipo formado pelos polimorfismos rs10787760, rs6585429 e rs1871345 do gene VAX1 com FL/PNS. Após a correção de Bonferroni para múltiplos testes, foram observadas associações significativas com os polimorfismos rs742071, rs1873147 e rs227731. Entretanto, a frequência dos alelos de risco variou entre as regiões geográficas, de acordo com as proporções de ancestralidade européia e africana. O grupo com maior proporção de marcadores de origem européia mostrou associação com rs227731, enquanto que o grupo com proporção maior de marcadores de origem africana exibiu associação com o polimorfismo rs1873147. A associação significante com rs742071 foi detectada apenas com a combinação de amostras. Em síntese, os resultados demonstram a associação dos polimorfismos localizados na região 1p36 (rs742071), 15q22.2 (rs1873147) e 17q22 (rs227731), com a suscetibilidade genética ao desenvolvimento de FL/PNS na população brasileira, sendo observada uma influência da diversidade populacional nessas associações, uma discreta associação dos polimorfismos rs7590268 (2p21) e rs8001641 (13q31.1) com FL/PNS e uma modesta associação de um haplótipo no gene VAX1, sugerindo um efeito com baixa penetrância em FL/PNS

Abstract: Nonsyndromic cleft lip with or without palate (NSCL/P) is the most common orofacial birth defect with prevalence of 1:500-2,500 live births. NSCL/P has complex etiology, which is related to environmental and genetic risk factors. Recent genome-wide association (GWAS) studies have been...

Abstract: Nonsyndromic cleft lip with or without palate (NSCL/P) is the most common orofacial birth defect with prevalence of 1:500-2,500 live births. NSCL/P has complex etiology, which is related to environmental and genetic risk factors. Recent genome-wide association (GWAS) studies have been identified a varied of chromosomal loci and candidate genes in association with NSCL/P development, however few of them has been replicated in different populations, which may be related to the differences in the ethnicity of the populations. Previous GWAS with populations from Europe and Asia have identified putative susceptibility markers for NSCL/P in FGF12, VCL, CX43 and polymorphism at the regions 1p36, 2p21, 3p11.1, 8q21.3, 10q25, 13q31.1, 15q22.2 and 17q22. As the Brazilian population is one of the most heterogeneous in the world, it is important to confirm the susceptibility of those markers identified in genetically homogenous populations in the Brazilian population. The purpose of this study was to verify the association of single nucleotide polymorphisms, which were identified as NSCL/P risk markers, with NSCL/P in a Brazilian population. We conducted a structured association study conditioned on the individual ancestry proportions to determine the role of 16 polymorphic markers in 300 patients with NSCL/P and 395 controls from Minas Gerais state, Brazil, and 7 polymorphic markers in 505 patients with NSCL/P and 594 controls from Minas Gerais state and Bahia state, Brazil. The polymorphisms were genotyping using the allelic discrimination method with fluorescence probes. The genomic ancestry of each individual was determined by genotyping 40 biallelic short insertion-deletion polymorphic markers (INDELs). The genotype frequencies observed for all studied polymorphisms in the control group did not reveal statistically significant differences compared to those expected under Hardy-Weinberg equilibrium, except for rs7632427 which was excluded from analysis. Associations with NSCL/P were observed with rs227731, rs742071, rs1873147, rs8001641 and rs7590268, and a haplotype formed by VAX1 rs10787760, rs6585429 and rs1871345 polymorphisms with NSCL/P. After Bonferroni correction for multiple tests, significant associations with NSCL/P were observed with rs742071, rs1873147 and rs227731. However, the frequency of the risk alleles varied between the geographical regions, according to the proportions of European and African genomic ancestry. The group enriched by European ancestry showed significant association with rs227731, whereas the group with high African ancestry was significantly associated with rs1873147 polymorphism. The significant association with rs742071 was only detected in the combined sample. In conclusion, our results demonstrated the association of the polymorphisms located at 1p36, 15q22.2 and 17q22 with NSCL/P Brazilian population, and that the diversity of the Brazilian population clearly influences the contribution of polymorphisms, a weekly association of the rs7590268 (2p21), rs8001641 (13q31.1) e rs1873147 (15q22.2) and a modest association of a haplotype of VAX1, suggesting a low penetrant gene for oral cleft