Orientador: Zanoni Dias

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação

Resumo: A teoria da seleção natural de Darwin afirma que os seres vivos atuais descendem de ancestrais, e ao longo da evolução, mutações genéticas propiciaram o aparecimento de diferentes espécies de seres vivos. Muitas mutações são pontuais, alterando a cadeia de DNA, o que pode impedir que a...

Resumo: A teoria da seleção natural de Darwin afirma que os seres vivos atuais descendem de ancestrais, e ao longo da evolução, mutações genéticas propiciaram o aparecimento de diferentes espécies de seres vivos. Muitas mutações são pontuais, alterando a cadeia de DNA, o que pode impedir que a informação seja expressa, ou pode expressá-la de um modo diferente. A comparação de sequências é o método mais usual de se identificar a ocorrência de mutações pontuais, sendo um dos problemas mais abordados em Biologia Computacional. Rearranjo de Genomas tem como objetivo encontrar o menor número de operações que transformam um genoma em outro. Essas operações podem ser, por exemplo, reversões, transposições, fissões e fusões. O conceito de distância pode ser definido para estes eventos, por exemplo, a distância de reversão é o número mínimo de reversões que transformam um genoma em outro [9] e a distância de transposição é o número mínimo de transposições que transformam um genoma em outro [10]. Nós trataremos os casos em que os eventos de reversão e transposição ocorrem de forma isolada e os casos quando os dois eventos ocorrem simultaneamente, com o objetivo de encontrar o valor exato para a distância. Nós criamos modelos de Programação por Restrições para ordenação por reversões e ordenação por reversões e transposições, seguindo a linha de pesquisa utilizada por Dias e Dias [16]. Nós apresentaremos os modelos de Programação por Restrições para ordenação por reversões, ordenação por transposições e ordenação por reversões e transposições, baseados na teoria do Problema de Satisfação de Restrições e na teoria do Problema de Otimização com Restrições. Nós fizemos comparações com os modelos de Programação por Restrições para ordenação por transposições, descrito por Dias e Dias [16], e com as formulações de Programação Linear Inteira para ordenação por reversões, ordenação por transposições e ordenação por reversões e transposições, descritas por Dias e Souza [17]

Abstract: The Darwin's natural selection theory states that living beings of nowadays are descended from ancestors, and through evolution, genetic mutations led to the appearance of different kinds of living beings. Many mutations are point mutations, modifying the DNA sequence, which may prevent...

Abstract: The Darwin's natural selection theory states that living beings of nowadays are descended from ancestors, and through evolution, genetic mutations led to the appearance of different kinds of living beings. Many mutations are point mutations, modifying the DNA sequence, which may prevent the information from being expressed, or may express it in another way. The sequence comparison is the most common method to identify the occurrence of point mutations, and is one of the most discussed problems in Computational Biology. Genome Rearrangement aims to find the minimum number of operations required to change one sequence into another. These operations may be, for example, reversals, transpositions, fissions and fusions. The concept of distance may be defined for these events, for example, the reversal distance is the minimum number of reversals required to change one sequence into another [9] and the transposition distance is the minimum number of transpositions required to change one sequence into another [10]. We will deal with the cases in which reversals and transpositions events occur separately and the cases in which both events occur simultaneously, aiming to find the exact value for the distance. We have created Constraint Programming models for sorting by reversals and sorting by reversals and transpositions, following the research line used by Dias and Dias [16]. We will present Constraint Logic Programming models for sorting by reversals, sorting by transpositions and sorting by reversals and transpositions, based on Constraint Satisfaction Problems theory and Constraint Optimization Problems theory. We made a comparison between the Constraint Logic Programming models for sorting by transpositions, described in Dias and Dias [16], and with the Integer Linear Programming formulations for sorting by reversals, sorting by transpositions and sorting by reversals and transpositions, described in Dias and Souza [17]