Orientador: Sergio Roberto Peres Line

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba.

Resumo: O inicio da transcrição gênica é um fenômeno complexo, provavelmente a principal etapa onde ocorre o controle da expressão gênica. A transcrição ocorre pela ligação de proteínas denominadas de fatores de transcrição com sequências específicas do DNA, chamadas de regiões ou seqüências "cis"....

Resumo: O inicio da transcrição gênica é um fenômeno complexo, provavelmente a principal etapa onde ocorre o controle da expressão gênica. A transcrição ocorre pela ligação de proteínas denominadas de fatores de transcrição com sequências específicas do DNA, chamadas de regiões ou seqüências "cis". A interação DNA - proteína pode depender da estrutura do DNA nestas seqüências. A interação dos fatores de transcrição com os sítios no DNA não só depende das bases onde ocorre o contato, mas pode depender também das bases vizinhas e da conformação do DNA. O presente trabalho teve por objetivo investigar a importância da conformação estrutural do DNA dupla fita de seqüências "cis" evolutivamente conservadas, localizadas em regiões promotoras (entre os nucleotídeos -1 e -500) em genes relacionados ao desenvolvimento craniofacial de espécies de mamíferos. Foi analisado se a variação na estrutura do DNA causada por variações genéticas em regiões filogeneticamente conservadas difere da variação na estrutura em regiões menos conservadas. As sequências de DNA com 500 pares de bases das regiões 5' de 22 genes foram obtidas no site Ensembl (http://www.ensembl.org/index.html. Foram utilizadas seqüências de cinco espécies de mamíferos. A estrutura do DNA (secundária) foi estimada pela predição do padrão de clivagem química dos radicais hidroxila do DNA dupla fita, utilizando-se o algoritmo Orchid (http://dna.bu.edu/orchid/). As seqüências das cinco espécies selecionadas foram alinhadas no programa Clustalw (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) e as regiões conservadas com entropia 0,1(conservação de 80%) e 0,2 (70%) com tamanho mínimo de 15 pares de bases e sem lacunas (gaps) foram obtidas pelo programa Bioedit (http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html). Para avaliação dos valores de predição de clivagem química foi desenvolvido um algoritmo em linguagem Ruby versão 1.91 (anexo 1), onde os valores obtidos correspondiam aos valores absolutos da subtração dos valores de predição de clivagem química das bases que diferiam nas seqüências conservadas e não conservadas entre duas espécies. Comparadas regiões conservadas e não conservadas, não apresentaram diferenças estatisticamente significantes no padrão de clivagem química quando substituímos nucleotídeos na região promotora

Abstract: The initiation of the gene transcription is a very complex phenomenon, probably the principal stage where the control of the gene expression takes place. In general terms the transcription takes place with the connection of proteins called "transcription factors" with specific sequences of...

Abstract: The initiation of the gene transcription is a very complex phenomenon, probably the principal stage where the control of the gene expression takes place. In general terms the transcription takes place with the connection of proteins called "transcription factors" with specific sequences of the DNA, called of regions or sequences "cis ". The interaction DNA - protein can depend on the configuration of the DNA in these sequences. The interaction of the transcription factors with the site in the DNA depends not only on the bases where the contact takes place, but they can depend also on the nearby bases and configuration of DNA. The aim of this work was to investigate the importance of the structural double band configuration of the DNA of conserved sequences in promoter region of genes (between the nucleotídeos-1 and-500), in genes involved in mammalian craniofacial development .We analyzed if the variation in the structure of the DNA caused by genet ic variations in regions phylogenetically preserved differs from the variation in the structure in less preserved regions. The 500 bp sequences of DNA of the regions 5' of the 22 genes, were obtained of the site Ensembl (http: // www.ensembl.org/index.html). We used sequences of the five species of mammals. The structure (secondary) of DNA was estimated by the prediction hydroxyl radical cleavage of the DNA double strand, by the algorithm Orchid (http: // dna.bu.edu/orchid/). The sequences of five selected species were aligned in the program Clustalw (http: // www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html)and the regions when 0, 1 (conservation of 80 %) and 0, 2 (70 %) with at least 15 bases and without (gaps) were obtained using the program Bioedit (http: // www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html). To evaluate the predictive value of chemical cleavage, was developed an algorithm in language Ruby version 1.91 (annex), where they obtained values were corresponding to the absolute values of the subtraction of the values of prediction of fracture chemistry of the bases that were differing in the sequences preserved and not preserved between two species. Comparing conserved and not conserved regions, no statistically significant differences in standard chemical cleavage when substituted nucleotides in promoter region