Orientador: Iscia Teresinha Lopes Cendes

Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas

Resumo: A construção de perfis de expressão usando microarrays tornou-se um método amplamente utilizado para o estudo dos padrões de expressão gênica. Estes estudos produzem uma grande quantidade de dados que faz com que a análise seja complexa e demorada. À medida que a qualidade dos arrays se...

Resumo: A construção de perfis de expressão usando microarrays tornou-se um método amplamente utilizado para o estudo dos padrões de expressão gênica. Estes estudos produzem uma grande quantidade de dados que faz com que a análise seja complexa e demorada. À medida que a qualidade dos arrays se torna mais confiável com a introdução dos arrays industriais, a quantidade de dados gerados aumenta e o ponto crítico dos experimentos, passa a ser garantir uma boa análise de bioinformática. Para facilitar esta análise desenvolvemos um pipeline que executa todos os passos de processamento de dados, tais como a correção de background, controle de qualidade, normalização, detecção de genes diferencialmente expressos e análises de clusterização. Além disso, nossa ferramenta permite a escolha de diversos testes estatísticos paramétricos e não paramétricos e também faz mineração de dados, buscando as informações relevantes dos genes e gerando links para diversos bancos de dados públicos. A função principal desta ferramenta é auxiliar pesquisadores que trabalham com microarrays, pois ela facilita a análise da grande quantidade de dados que este tipo de experimento gera, podendo fornecer uma análise personalizada com a escolha dos testes estatísticos e valores de corte de acordo com os parâmetros que o usuário julgar mais apropriado para as condições de seu experimento. A facilidade de uso e aplicações múltiplas implementadas apresentadas nesta ferramenta são inéditas e esperamos contribuir de maneira significativa para estimular e facilitar o uso dos estudos de expressão em larga escala

Abstract: Expression profile using microarrays has become a widely used method for studying gene expression patterns. These studies produce a large amount of data which makes the analysis complex and time consuming. As the arrays' quality becomes more reliable the critical point remains the...

Abstract: Expression profile using microarrays has become a widely used method for studying gene expression patterns. These studies produce a large amount of data which makes the analysis complex and time consuming. As the arrays' quality becomes more reliable the critical point remains the bioinformatics tools used to process and analyze the data generated in these large experiments. Therefore, we aimed to develop a pipeline that runs all the steps of data processing such as background correction, quality control, normalization, detection of differentially expressed genes and clustering analysis. In addition, our tool allows the choice of several parametric and non-parametric tests to be used for group comparisons. Furthermore, it can be used for data mining, searching for relevant information of genes as well as creating links to various public available databases. The main goal of this tool is to provide researchers working with microarray data a user friendly tool which includes customized statistical analysis. This type of research tool with this many function is not previously available and we hope to contribute to make large scale expression studies easier and faster, specially for researchers that are starting to use this type of technology