Análise da expressão gênica em pacientes talassêmicos homozigotos para mutação beta 39 com evoluções clìnicas distintas, maior e intermediária, por Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
Ana Flávia Brugnerotto
DISSERTAÇÃO
Português
T/UNICAMP B833a
[Analysis of gene expression from patients with beta thalassemia, carrying the same mutation (Cd39) but with different phenotypes (major and intermedia), using the Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) ]
Campinas, SP : [s.n.], 2010.
141 p. : il.
Orientadores: Fernando Ferreira Costa, Anderson Ferreira da Cunha
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Resumo: As síndromes talassêmicas compreendem um grupo heterogêneo de doenças hereditárias em que existe uma redução no ritmo de síntese de uma ou mais cadeias polipeptídicas da hemoglobina. Nas talassemias ß ocorre a supressão total ou parcial da produção de cadeias ß. O estado homozigótico da...
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Resumo: As síndromes talassêmicas compreendem um grupo heterogêneo de doenças hereditárias em que existe uma redução no ritmo de síntese de uma ou mais cadeias polipeptídicas da hemoglobina. Nas talassemias ß ocorre a supressão total ou parcial da produção de cadeias ß. O estado homozigótico da maioria das variantes genéticas da talassemia ß produz o quadro clínico da talassemia maior. Esses pacientes apresentam acentuada anemia e necessitam de transfusões sanguíneas regulares para sobreviverem. Os indivíduos heterozigotos para a talassemia ß apresentam, com raras exceções, apenas discreta anemia. Existem ainda alguns quadros clínicos não tão graves quanto à forma homozigótica clássica, geralmente não dependem de transfusões, que são denominados de talassemia intermediária. Os genes responsáveis pela síntese das cadeias da ß globina estão organizados em um cluster localizado no braço curto do cromossomo 11. Quase 200 alelos de talassemia ß já foram caracaterizados. Destes, 125 representam mutações pontuais em regiões funcionalmente importantes do gene, uma de particular interesse ao nosso estudo, é a mutação Cd 39 (C--T). Este trabalho teve como objetivo analisar o perfil global de expressão gênica de células CD 34+ de pacientes com talassemia ß, portadores da mesma mutação genética (Cd 39), mas com evoluções clínicas distintas, maior e intermediária, pelo método de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). Foram gerados 2718 trancritos únicos para o perfil de talassemia ß intermediária e 3052 para o perfil de talassemia ß maior, os quais foram classificados como genes identifcados, no matches, ESTs e outras sequências preditas e anotadas. As expressões de 14 genes foram quantificadas pela reação em cadeia da polimerase em tempo real nas amostras de células CD34+ dos pacientes talassêmicos intermediário e maior, com intuito de validar os resultados obtidos pelo SAGE. As expressões foram concordantes em 57,14% dos genes (ABCB10, APEX1, APOC1, EYA3, HMBS, OAZ1, SRGN, TAGLN2) e discordantes nos demais 42,85% (EIF5a, GRIN2C, HMGB1, NAE1, PCBP2, RAD23B). Quando ambos os perfis foram comparados entre si, 42 transcritos foram ditos como diferencialmente expresso (p<0,05). A análise funcional comparativa dos 42 transcritos diferencialmente expressos foi realizada de acordo com o Gene Ontology Consortium afim de obtermos a classificação funcional destes transcritos. Em conjunto, os resultados podem colaborar na identificação de transcritos importantes, que possam auxiliar na melhor compreensão da fisiopatologia desta doença e desempenhar papéis moduladores no fenótipo em talassemia ß
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Abstract: Thalassemia syndromes are a heterogeneous group of hereditary diseases in which there is a reduction in the synthesis of one or more hemoglobin chains. In ß-thalassemia there is a reduction or total suppression of the expression of ß globin genes. The homozygous state of most ß-thalassemia...
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Abstract: Thalassemia syndromes are a heterogeneous group of hereditary diseases in which there is a reduction in the synthesis of one or more hemoglobin chains. In ß-thalassemia there is a reduction or total suppression of the expression of ß globin genes. The homozygous state of most ß-thalassemia genetic variants produces the clinical evolution of thalassemia major. These patients present severe anemia and require regular blood transfusions in order to survive. Heterozygous individuals present, with exceptions, discret anemia. There are some clinical evolutions that are not as severe as the classic homozygous form, which are often blood transfusion independent, named ß-thalassemia intemedia. The gene responsible for the synthesis of ß the globin chain is arranged in a cluster located on the short arm of cromossome 11. Nearly 200 ß-thalassemia alleles have been characterized. Of these, 125 represent mutations in functionally-important regions of the gene. A nonsense mutation, ie base substitution, which introduces a premature stop codon, destroying the normal reading and interfering in mRNA translation, is of particular interest to our study, especially the Cd 39 mutations (C--T). The aim of this study was to evaluate the global gene expression pattern of CD34+ culture cells from patients with ß-thalassemia, carrying the same genetic mutation (Cd 39) but with different phenotypes (major and intermedia), using Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Two SAGE profiles were gerated: INT and MAIOR. Comparison of the 2718 an 3052 distinct tags from the INT and MAIOR profiles, represented by identified trnacripts and novel tags, 42 tags demonstrated with a differential expression at a statistically significant level (p<0,05) and corresponded to known genes, ESTs or no matches. The expression of 14 genes was further investigated by the real-time polymerase chain reaction in cells cultured from patients with ß-thalassemia intermedia and major, with the purpose of to validating the results obtained by the SAGE method. Similar expressions were seen in 57.14% (ABCB10, APEX1, APOC1, EYA3, HMBS, OAZ1, SRGN, TAGLN2) and discordant expressions were seen in 42.85% (EIF5a, GRIN2C, HMGB1, NAE1, PCBP2, RAD23B). The functional classification was performed according to the Gene Ontology Consortium and a total of a 42 transcripts were submitted to functional classification. Together, our results may contribute to identify important transcripts that may play roles in modulating phenotype in ß-thalassemia and to better understand the pathophysiology of this disease
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Costa, Fernando Ferreira, 1950-
Orientador
Cunha, Anderson Ferreira da, 1973-
Coorientador
Figueiredo, Maria Stella
Avaliador
Barjas-Castro, Maria Lourdes
Avaliador
Análise da expressão gênica em pacientes talassêmicos homozigotos para mutação beta 39 com evoluções clìnicas distintas, maior e intermediária, por Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
Ana Flávia Brugnerotto
Análise da expressão gênica em pacientes talassêmicos homozigotos para mutação beta 39 com evoluções clìnicas distintas, maior e intermediária, por Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
Ana Flávia Brugnerotto
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