Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
Cristiano Luis Pinto de Oliveira
DISSERTAÇÃO
Português
(Broch.)
T/UNICAMP OL4s
Campinas, SP : [s.n.], 2001.
115 p. : il.
Orientador: Iris Concepcion Linares de Torriani
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica "Gleb Wataghin"
Resumo: Neste trabalho apresentamos um estudo sobre a potencialidade do método de espalhamento a baixos ângulos para a reconstrução da estrutura tridimensional de partículas em solução. Neste sentido muitas simulações foram realizadas para testar e avaliar os métodos utilizados. Inicialmente...
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Resumo: Neste trabalho apresentamos um estudo sobre a potencialidade do método de espalhamento a baixos ângulos para a reconstrução da estrutura tridimensional de partículas em solução. Neste sentido muitas simulações foram realizadas para testar e avaliar os métodos utilizados. Inicialmente apresento a teoria geral de espalhamento a baixos ângulos por partículas. Posteriormente enfatizo a construção de modelos o que permite relacionarmos a forma da partícula a seu espalhamento e a sua curva de distribuição de distâncias (P(r)). Ao final utilizo estes modelos para avaliar métodos ab initio de reconstrução tridimensional de partículas. Com base nesta avaliação pudemos analisar os resultados de sistemas reais compostos por proteínas em solução. Como veremos pelos resultados, a técnica de SAXS é capaz de fornecer informações conclusivas sobre a forma, anisotropia, simetria e mudanças conformacionais das partículas espalhadoras. Dos métodos utilizados, a otimização por simulated annealing somada a utilização de vínculos adequados no algoritmo, forneceu resultados melhores na aproximação da forma das partículas estudadas do que os obtidos por otimização com algoritmo genético.
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Abstract: In this work we present a careful study about the potentiality of the small angle scattering technique and the inverse scattering problem ie., the reconstruction of the particle shape directly from the scattering profile. In this way, we made many simulations to test and analyzed various...
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Abstract: In this work we present a careful study about the potentiality of the small angle scattering technique and the inverse scattering problem ie., the reconstruction of the particle shape directly from the scattering profile. In this way, we made many simulations to test and analyzed various methods. First I show the general scattering theory, emphasizing the scattering from particles. Next I present a model building computing routine that shows the relationship between the scattering profile and the particle shape. Finally, I apply the three-dimensional reconstruction methods to several models in order to evaluate the power of these methods. This calculation served as a basis to analyze real problems like proteins in solution. As we show in the results, the SAXS technique furnishes interesting results like shape, anisotropy, symmetry and conformational changes of the scattering particles. From the ab initio reconstruction methods used, optimization by simulated annealing plus the introduction of adequate constraints gave the best shape approximation when compared to genetic algorithm results.
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Simulação do espalhamento de raios X por macromoléculas em solução através da construção de modelos tridimensionais de baixa resolução
Cristiano Luis Pinto de Oliveira
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