Resumo: O vírus Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, ou SARS-CoV-2, é o agente etiológico da Doença do Coronavírus 2019 (COVID-19). A infecção pode ser assintomática ou evoluir para doença moderada ou grave, podendo ser fatal em até 3% dos casos. Com o avanço da pandemia e altas taxas de transmissão, esse vírus passou por processos de evolução, com a seleção de mutações em seu genoma de RNA e a emergência de centenas de novas variantes virais. A presente tese teve como objetivo principal caracterizar a evolução desse vírus, sua dispersão e o impacto da imunização na circulação das diferentes variantes de SARS-CoV-2 na cidade de Campinas, São Paulo, entre o período de abril de 2020 a fevereiro de 2022. Foram sequenciados 794 genomas de SARS-CoV-2, abrangendo os cinco distritos de saúde de Campinas. Com a vigilância genômica em associação a dados epidemiológicos, foi observado que medidas de proteção não farmacológicas são efetivas para diminuir a transmissão comunitária de SARS-CoV-2 quando há adesão populacional, sendo mais efetivas antes do aparecimento das principais variantes de preocupação, ou VOCs. Além disso, foi observado que a campanha de vacinação contra a COVID-19 levou à diminuição de casos graves e óbitos em Campinas. Foram identificados casos de reinfecções por linhagens prévias às VOCs, reforçando o contínuo uso de equipamento de proteção individual principalmente por profissionais da saúde. Partículas virais viáveis de SARS-CoV-2 foram isoladas de amostras de pessoas previamente infectadas ou imunizadas, evidenciando possíveis escapes vacinais. Isolados virais obtidos das variantes Alpha e Gamma foram usados para realização de ensaios de neutralização, demonstrando que a variante Gamma pode escapar de anticorpos neutralizantes gerados em resposta a um estímulo policlonal por uma linhagem prévia. Além disso, foi demonstrado que linhagens VOCs de SARS-CoV-2 podem causar surtos de infecção em populações isoladas, mesmo em indivíduos vacinados, mas com uma baixa taxa de agravamento ainda que em populações de alto risco para doença grave, como idosos. Por fim, um estudo de caso de infecção crônica por SARS-CoV-2 em paciente com imunodeficiência rara mostrou que a imunoglobulina A pode ser importante para abolir sítios de infecção persistente desse vírus, provavelmente em associação com a mucosa gastrointestinal. Desse modo, os resultados aqui apresentados destacam a importância das medidas preventivas, da vigilância genômica e epidemiológica e da vacinação no combate à pandemia da COVID-19 Ver menos

Abstract: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, or SARS-CoV-2, is the etiological agent of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). The infection includes asymptomatic, moderate, and severe cases, and it can be fatal. With the advancement of the pandemic and high transmission rates, this virus has undergone evolutionary processes, with the selection of mutations in its RNA genome and the emergence of new viral variants. The main objective of this thesis was to characterize the virus's evolution, its spread, and the impact of immunization on the circulation of different SARS-CoV-2 variants in the city of Campinas, São Paulo, between April 2020 and February 2022. A total of 794 genomes of this virus were sequenced, covering the five health districts of Campinas. Through genomic surveillance combined with epidemiological data, it was observed that non-pharmacological protective measures are effective in reducing community transmission of SARS-CoV-2 when there is population adherence, being more effective before the appearance of the main variants of concern (VOCs) lineages. The COVID-19 vaccination campaign led to a decrease in severe cases and deaths in Campinas. Cases of reinfections with lineages predating the variants of concern were also identified, emphasizing the continued use of personal protective equipment, especially by healthcare professionals. Viable viral particles of SARS-CoV-2 were isolated from samples of previously infected or immunized individuals. Viral isolates of Alpha and Gamma lineages were used for neutralizing assays, demonstrating that the Gamma variant can evade neutralizing antibodies generated in response to a polyclonal stimulus by a previous lineage. Furthermore, it was demonstrated that VOCs lineages of SARS-CoV-2 are able to cause outbreaks in isolated populations of vaccinated people, with a low rate of aggravation, even in at-risk populations, highlighting the effectiveness of vaccines against severe disease. Finally, a case study of chronic SARS-CoV-2 infection in a patient with a rare immunodeficiency showed that immunoglobulin A, is crucial to control virus persistence in mucosal sites. The presented results underscore the importance of preventive measures, genomic and epidemiological surveillance, and vaccination in the fight against the COVID-19 pandemic Ver menos