Resumo: O desenvolvimento dentário é um processo complexo que foi conservado durante a evolução de diversas espécies de vertebrados. Embora já sejam conhecidos os genes que participam da formação dos dentes, o conhecimento de como estes genes são regulados, ainda é limitado. O entendimento da regulação dos genes que formam os dentes é importante para se determinar as causas das variabilidades entre dentes normais, bem como para entender a origem de algumas alterações que levam a formação de dentes defeituosos ou mesmo a ausência de elementos dentários como acontece com muitos indivíduos com agenesia dentária. O objetivo deste estudo foi realizar uma anotação genômica de candidatos a regiões regulatórias distais (enhancers) de genes chaves para o desenvolvimento dentário. Células ectomesenquimais da papila apical (SCAP), as quais são derivadas de células da crista neural craniana (CNCC) e que dão origem à dentina e polpa de raízes dentárias, foram obtidas de dentes terceiros molares humanos em formação que foram removidos e seriam descartados. Após a realização de ensaios de imunoprecipitação de cromatina (ChIP-Seq) para marcas de H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3 e do cofator p300 de células SCAP, os dados obtidos foram analisados conjuntamente com seguintes dados públicos abertos: 1) de ChIP-Seq para as mesmas marcas obtidas para SCAP e de acessibilidade da cromatina (ATAC-Seq) de CNCC; 2) de conservação de regiões genômicas entre diferentes espécies de vertebrados e; 3) de dados de regiões genômicas já previamente identificadas com atividade de enhancer. A análise dos dados possibilitou identificar regiões do genoma que são candidatas a serem elementos regulatórios distais de genes como PAX9, MSX1, BMP4, LEF1, DLX1, DLX2, genes estes envolvidos com o desenvolvimento dentário em humanos e em outros vertebrados Ver menos

Abstract: Tooth development is a complex process that has been conserved during the evolution of different vertebrate species. Although the genes involved in tooth formation are well known, the knowledge on how they are finely regulated is still fairly limited. Understanding the regulation of these tooth-forming genes is crucial in determining the causes of variability between normal teeth, as well as the origin of some genetic alterations that lead to defective teeth, or even the absence of teeth which occurs in individuals with tooth agenesis. This study aimed to create a genomic annotation of candidate distant regulatory regions (enhancers) of genes involved in the tooth formation process. Apical papilla ectomesenchymal stem cells (SCAP), which are derived from cranial neural crest cells (CNCC), and give rise to the dentin and pulp formed in dental roots, were obtained from human third molars still in development, which would have been discarded otherwise. Following assays for Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-Seq) targeting markers such as H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3 and the p300 cofactor derived from SCAP, the data was compared in conjunction with the following open source data: 1) ChIP-Seq for the same markers evaluated for SCAP and Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-Seq) derived CNCC; 2) conserved sequence data between different vertebrate species; 3) and of genomic regions previously identified with enhancer activity. The conjoined analysis of the data allowed us to identify genomic regions that may be distal regulatory elements of genes such as PAX9, MSX1, BMP4, LEF1, DLX1, DLX2, which are involved in tooth development in humans and other vertebrates Ver menos