Resumo: A pandemia de COVID-19 trouxe uma preocupação no que diz respeito aos patógenos que circulam nos animais e que podem ser transmitidos para humanos, nas chamadas doenças emergentes zoonóticas. Os morcegos são animais chave na linha de transmissão de patógenos, pois estes animais vivem em proximidade com os seres humanos e são reservatórios de uma grande variedade de microrganismos. Os objetivos deste trabalho foram: disponibilizar o genoma completo do Betacoronavírus da Hepatite Murina (MHV-3), considerado modelo de trabalho para estudos envolvendo o SARS-CoV-2; Fornecer novas abordagens para os métodos de amplificação de fragmentos genômicos, visando otimizar os protocolos de Metagenômica; Identificar e compreender a diversidade viral de morcegos saudáveis capturados no estado de São Paulo através do Sequenciamento de Nova Geração (NGS). Para o sequenciamento completo do vírus MHV-3 foi utilizado isolado proveniente de cultivo celular. Ensaios de amplificação gene-específicas (PCR) foram realizados para obtenção de fragmentos sobrepostos e posterior Sequenciamento de Sanger. Para a Padronização de Protocolo de Amplificação testes com Primer único e diferentes metodologias de PCR foram realizados, utilizando MHV-3 e SARS-CoV-2 como controle. Para o estudo de diversidade viral em morcegos foram realizadas capturas no município de Rio Claro-SP, obtendo-se cerca de 60 suabes retais e orais. Os suabes foram posteriormente agrupados em três pools distintos, usando como critério sua área geográfica. Foi realizada a extração do RNA Viral e enriquecimento das amostras. Em seguida, estas amostras purificadas foram encaminhadas ao Laboratório Central de Tecnologia de Alto Desempenho – LaCTAD, para protocolo de NGS por meio da técnica da Illumina. As sequências geradas foram filtradas e analisadas em duas plataformas distintas: Centrifuge e Kraken2. Nos dois softwares foram identificados bacteriófagos como Streptococcus phage IPP54; Proteus phage VB_PmiS-Isfahan; Felsduovirus, entre outros. Também foram identificados Retrovírus como o Baboon endogenous virus strain M7 e Desmodus rotundus endogenous retrovírus. Os bacteriófagos identificados podem ser de interesse para a comunidade médica, uma vez que, mostram-se uma boa alternativa aos antibióticos, nos tratamentos envolvendo fagoterapia. Os retrovírus identificados possivelmente são Elementos Retrovirais Endógenos, sendo um indicativo de coevolução a longo prazo de morcegos e vírus Ver menos

Abstract: The COVID-19 pandemic has raised concerns regarding pathogens that circulate in animals and that can be transmitted to humans, in so-called emerging zoonotic diseases. Bats are key animals in the pathogen transmission line, as these animals live in close proximity to humans and are reservoirs of a wide variety of microorganisms. The objectives of this work were: to make available the complete genome of the Murine Hepatitis Betacoronavirus (MHV-3), considered a working model for studies involving SARS-CoV-2; Provide new approaches to genomic fragment amplification methods, aiming to optimize Metagenomics protocols; Identify and understand the viral diversity of healthy bats captured in the state of São Paulo through Next Generation Sequencing (NGS). For the complete sequencing of the MHV-3 virus, an isolate from cell culture was used. Gene-specific amplification (PCR) assays were performed to obtain overlapping fragments and subsequent Sanger Sequencing. For the Standardization of the Amplification Protocol, tests with a single Primer and different PCR methodologies were performed, using MHV-3 and SARS-CoV-2 as controls. To study viral diversity in bats, captures occurred in the city of Rio Claro-SP, obtaining around 60 rectal and oral swabs. The Swabs were later grouped into three distinct pools, using their geographic area as a criterion. Viral RNA extraction and sample enrichment were performed. Then, these purified samples were sent to the Central High Performance Technology Laboratory – LaCTAD, for NGS protocol using the Illumina technique. The sequences generated were filtered and analyzed on two different platforms: Centrifuge and Kraken2. In both softwares, bacteriophages were identified, such as Streptococcus phage IPP54; Proteus phage VB_PmiS-Isfahan; Felsduovirus, among others. Retroviruses such as Baboon endogenous virus strain M7 and Desmodus rotundus endogenous retrovirus were also identified. The identified bacteriophages may be of interest to the medical community, as they prove to be a good alternative to antibiotics in treatments involving phage therapy. The identified retroviruses are possibly Endogenous Retroviral Elements, indicative of long-term coevolution of bats and viruses Ver menos