Please use this identifier to cite or link to this item: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312729
Type: DISSERTAÇÃO DIGITAL
Degree Level: Mestrado
Title: Identificação de variações estruturais (CNVs) e modificações epigenéticas em pacientes com acidente vascular cerebral
Title Alternative: Identification of structural variants (CNVs) and epigenetic changes in patients with stroke
Author: Donatti, Amanda, 1991-
Advisor: Lopes-Cendes, Íscia Teresinha, 1964-
Abstract: Resumo: O acidente vascular cerebral (AVC) é uma condição heterogênea multifatorial, responsável pela interrupção do fluxo sanguíneo para o cérebro. Em geral, o AVC pode ser classificado em dois grandes grupos principais: hemorrágico e isquêmico. Estudos têm demonstrado a presença de fatores genéticos no AVC. Estudos de meta-análise revelaram 19 genes associados ao AVC isquêmico. Contudo, variantes funcionais ainda não foram identificadas em 8 desses genes candidatos (HDAC9, CDKN2B-AS1, PDE4D, PITX2, ZFHX3, ANGPT1, AGTRL1 e ALOX5AP). Além disso, em ensaios in vivo, foi possível observar que padrões alterados de metilações no DNA podem influenciar o desenvolvimento de AVC ou modificações nas proteínas envolvidas nesse processo, o que pode ser responsável pelo aumento do risco de AVC. Estudos para AVC hemorrágico vêm demonstrando forte influência genética nesses eventos, porém, ainda são menos recorrentes, devido à menor frequência desse evento na população e à sua maior taxa de mortalidade. Variações no número de cópias genômicas (CNVs) são mutações comuns no genoma humano e têm sido apontadas como importantes causas de alterações na expressão gênica. Poucos estudos têm demonstrado a relação entre genes e CNVs encontrados em pacientes com AVC isquêmico e hemorrágico. Os objetivos principais desse trabalho são: identificar fatores epigenéticos na região promotora de genes candidatos em pacientes com AVC isquêmico e identificar variações nos números de cópias (CNVs) em pacientes com AVC hemorrágico. Para isso, foram utilizadas amostras de DNA de pacientes com AVC e indivíduos controle provenientes de Joinville/SC. Através de análises de bioinformática, foram identificadas regiões potencialmente metiláveis (CpGs) nos promotores de genes candidatos para AVC isquêmico. Esses genes tiveram suas regiões promotoras analisadas através da técnica de PCR por metilação específica (MS-PCR). Para análise de CNVs em pacientes com AVC hemorrágico, foram realizados chips de microarranjos de DNA baseados em SNPs (Genome-Wide Human SNP Array 6.0; Affymetrix Inc.) e os resultados foram analisados no software Genotyping Console® (Affymetrix Inc.). Os estudos de metilação não geraram resultados significativos devido a não amplificação das ilhas CpGs nas regiões promotoras dos genes candidatos nas condições técnicas inicialmente testadas nesse estudo. Nos estudos de CNVs foram analisadas 45 amostras de pacientes e 41 amostras de controles, de modo que regiões de ganho e perda genômica de interesse foram identificadas. Através de análises no software METACORE, foi possível identificar 19 genes relacionados ao AVC. Validando esses resultados em 18 pacientes italianos, foi possível selecionar 2 genes em comum as duas coortes: MACROD2 e NSF. O gene MACROD2 não apresenta variantes descritas na população geral, se tornando forte candidato a influenciar a ocorrência do AVC. Com tais resultados, podemos concluir que variantes genômicas estruturais na forma de CNVs em alguns genes candidato podem ter um papel na predisposição ao AVC hemorrágico. Nossos resultados foram confirmados em duas populações distintas de pacientes com AVC hemorrágico

Abstract: Stroke is a heterogeneous and multifactorial condition, responsible for blockage in blood flow to the brain. Stroke can be classified in two main groups: ischemic and hemorrhagic. Many studies demonstrate the presence of genetic factors on stroke. Meta-analysis studies revealed 19 genes related to ischemic stroke. However, functional variants were not identified in 8 candidate genes (HDAC9, CDKN2B-AS1, PDE4D, PITX2, ZFHX3, ANGPT1, AGTRL1 and ALOX5AP).In addition, in vivo studies show that abnormal methylation pattern in DNA can influence stroke development or changes in proteins related to this phenotype, which leads to increased risk of stroke. Although some studies demonstrate influence of genetic variants in hemorrhagic stroke, studies with this subtype are less recurrent due to its low population frequency and higher mortality rate when compared to ischemic events. Copy number variations (CNVs) are common mutations which have been identified as significant causes of change in gene expression. Few studies have demonstrated a relation between genes and CNVs for ischemic and hemorrhagic stroke. The main objectives of this study are: to identify epigenetic factor on promoter region of candidate genes to ischemic stroke; and to identify copy number variations in patients with hemorrhagic stroke. We use DNA sample from patients with stroke provided from Joinville/SC. Through bioinformatics analysis, we identified regions potentially methylated (CpGs) on promoter regions of candidate genes from ischemic stroke. These candidate genes had their promoter region analyzed by methyl-specific PCR (MS-PCR). To analyze CNVs in patients with hemorrhagic stroke, we used microarray chips based on SNPs (Genome-Wide Human SNP Array 6.0; Affymetrix Inc.), whose results were analyzed by Genotyping Console® Software (Affymetrix Inc.). Our methylation studies did not resulted in any significant findings, since the CpGs islands in the promoter region of candidate genes were not amplified using the conditions initially tested in this study. In the CNVs studies, we analyzed 45 samples from patients and 41 samples from controls and identified 19 genes potentially related to stroke. We validated these results in a group of Italian patients , analyzing 18 patients with hemorrhagic stroke. Overall, we identified 2 genes which were present in both cohorts: MACROD2 and NSF. Gene MACROD2 does not have variants described in the normal general population genetic database, which makes it a potential candidate gene to influence hemorrhagic stroke. In conclusion, we have demonstrated for the first time that CNVs in certain candidate genes may influence the risk for hemorrhagic stroke. Our findings were confirmed in two independent samples of patients with hemorrhagic stroke
Subject: Acidente vascular cerebral
Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
Metilação de DNA
Editor: [s.n.]
Citation: DONATTI, Amanda. Identificação de variações estruturais (CNVs) e modificações epigenéticas em pacientes com acidente vascular cerebral. 2016. 1 recurso online ( 100 p.). Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas, Campinas, SP. Disponível em: <http://www.repositorio.unicamp.br/handle/REPOSIP/312729>. Acesso em: 29 ago. 2018.
Date Issue: 2016
Appears in Collections:FCM - Tese e Dissertação

Files in This Item:
File SizeFormat 
Donatti_Amanda_M.pdf3.97 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.